El FONDAM ejecuta otros programas en alianza con organismos internacionales y nacionales en la temática ambiental y de saneamiento. Estos son:
- Banco Mundial – Donación Japonesa: Proyecto “Modelo de Intervención Participativa para mejorar la Nutrición Infantil”
- Iniciativa para la Conservación en la Amazonía Andina (ICAA)
- Critical Ecosystem Partnership Fund (CEPF)
- Gordon and Betty Moore Foundation (MOORE)
- FONDAM – PROFONANPE
- EcoFunds
- Creando Mercados de Saneamiento
Banco Mundial – Donación Japonesa: Proyecto "Modelo de Intervención Participativa para mejorar la Nutrición Infantil"
Creando Mercados de Saneamiento: Familia cusqueña con su módulo de baño.
CRITICAL ECOSYSTEM PARTNERSHIP FUND: Área de intervención de proyectos CEPF
FONDAM-PROFONANPE: Paisaje en Madre de Dios
INICIATIVA PARA LA CONSERVACIÓN EN LA AMAZONÍA ANDINA: Visita de representante de USAID Julie Kunen a proyectos del Programa ICAA
MOORE FOUNDATION: Vista de la Cordillera del Condor