El FONDAM convoca periódicamente a las organizaciones peruanas sin fines de lucro de la Sociedad Civil, para que presenten propuestas innovadoras que sean solución a problemas identificados y priorizados por los beneficiarios, que estén relacionados con la protección de los recursos naturales y biológicos, y aquellos que comprometen la supervivencia y el desarrollo infantil.
Luego, durante un proceso de evaluación, en función de sus méritos técnicos, revisa, selecciona y aprueba las mejores propuestas, para posteriormente formalizar contractualmente la donación y proceder con la ejecución y desembolso de los recursos, según el Plan Operativo y Cronograma de Desembolsos aprobados y acompañar asimismo su ejecución.
El FONDAM monitorea la ejecución del proyecto y el uso de los fondos y recibe y evalúa los reportes técnicos y financieros de las instituciones ejecutoras. La actividad de Dirección y Supervisión se origina con el Proyecto y se mantiene hasta el final del periodo de ejecución del mismo.
Las modalidades de donación habilitadas para participar son:

Banco Mundial – Donación Japonesa: Proyecto "Modelo de Intervención Participativa para mejorar la Nutrición Infantil"
Creando Mercados de Saneamiento: Familia cusqueña con su módulo de baño.
CRITICAL ECOSYSTEM PARTNERSHIP FUND: Área de intervención de proyectos CEPF
FONDAM-PROFONANPE: Paisaje en Madre de Dios
INICIATIVA PARA LA CONSERVACIÓN EN LA AMAZONÍA ANDINA: Visita de representante de USAID Julie Kunen a proyectos del Programa ICAA
MOORE FOUNDATION: Vista de la Cordillera del Condor