El FONDAM promueve la ejecución de actividades de conservación de las siguientes áreas naturales protegidas: Reserva Nacional de Paracas, Parque Nacional Cordillera Azul, Parque Nacional Tingo María, Parque Nacional del Río Abiseo y los humedales de Villa María en Chimbote. También apoya actividades de conservación en el Bosque Seco Ecuatorial en la costa norte.
Cabe resaltar también
el apoyo que el FONDAM brinda a la creación de dos áreas de
conservación regional en Lamas y Picota en el departamento de San
Martín (Selva Alta).
Asimismo, continúa favoreciendo la protección de especies amenazadas en su conservación: el paiche (Arapaima gigas), el guanaco (lama guanicoe), la vicuña (lama vicugna) y el suri (Pterocnemia pennata tarapacencis), éste último en grave peligro de extinción
El FONDAM, además, promueve la conservación y el manejo sostenible de especies nativas como el yacón (smallanthus sonchifolius), la tara (Caesalpina spinosa), la maca (Lepidium peruvianum), la sangre de grado (Croton lechlerii) y el algarrobo (Prosopys pallida); todas especies promisorias con alto valor nutritivo y medicinal.
